Nagisa Aoi, Astraea Tepesi'ndeki üç prestijli kız okulundan biri olan Aziz Miator Kız Akademisi'ne nakil öğrenci olarak yeni okul hayatına başlar. İlk gününde kaybolan Nagisa, zarafeti ve çekiciliğiyle büyüleyen gizemli bir öğrenciyle karşılaşır ve kendini revirde bulur. Uyandığında onu karşılayan oda arkadaşı Tamao Suzumi, Nagisa'ya kampüsteki günlük hayatı ve sosyal yapıyı heyecanla tanıtır. En önemlisi, Tamao onu üç okul arasında istisnai bir öğrenci temsilcisinin varlığından haberdar eder - Etoile ya da “yıldız”. Bu kişiyle tanışmak için sabırsızlanan Nagisa, daha önce tanıştığı ruhani güzellikteki Shizuma Hanazono'nun biricik Etoile'nin ta kendisi olduğunu öğrenir! Sadece bu da değil, Shizuma Nagisa'ya açıkça ilgi duyuyor gibi görünüyor! Nagisa'nın Shizuma ile olan etkileşimleri doğal olarak onu kampüste gündem haline getirir; ancak Nagisa bu kadar büyülenmiş olmasına rağmen bir şeylerin ters gittiğini düşünmeden edemez. Strawberry Panic! Nagisa, Shizuma ve Aziz Miator's, Aziz Spica ve Aziz Lulim'deki arkadaşlarının günlük rutinlerini takip ederken, gizli duygular, kalıcı pişmanlıklar ve yeni olasılıklarla yüzleşirken ilişkilerin zorluğuyla yol alıyorlar.