Eksantrik, kendini çılgın bilim adamı olarak ilan eden Rintarou Okabe, eski halinin bir kabuğu haline geldi. Arkadaşı Makise Kurisu'yu kurtarmayı başaramadığı için depresyona giren ve travma geçiren adam, çılgın bilim adamının ikinci kişiliğinden vazgeçmeye ve sıradan bir üniversite öğrencisi olarak yaşamaya karar verir. Zaman yolculuğu deneyimleri hakkında çok az şey bilen arkadaşlarıyla çevrili olan Okabe, günlerini tek başına maceralarının dehşetini unutmaya çalışarak geçiriyor. Okabe, bir üniversite teknoloji forumunda resepsiyonist olarak çalışırken kısa boylu, cesur Maho Hiyajo ile tanışır. daha sonra Profesör Alexis Leskinen'in yönettiği forum sunumunda tercüman olduğu ortaya çıktı. Şaşkın bir kalabalığın önünde Alexis ve Maho, bir kişinin anılarını saklayabilen ve o kişinin kişiliği ve tuhaflıklarıyla birlikte mükemmel bir simülasyonunu yaratabilen devrim niteliğindeki bir yapay zeka olan Amadeus'u tanıtıyor. Sunumun ardından Maho ve Alexis ile buluşan Okabe, ikisinin Kurisu'nun üniversitedeki meslektaşları olduğunu ve onu Amadeus'ta simüle ettiklerini öğrenir. Simülasyonun davranışını araştırmak için Alexis tarafından tutulan Okabe'ye, uzun süredir kayıp olan sevgili bir arkadaşının gölgesiyle etkileşime girme şansı verilir. Geçmişe tehlikeli bir şekilde karışan Okabe, sert gerçekle yüzleşmeli ve zamanın doğal akışını bozmanın getirdiği feci sonuçlara karşı dikkatli bir şekilde manevra yapmalıdır.