"Hatırla, kanatların olduğu zamanı." 12.000 yıl önce dile getirilen bir dileğe yanıt olarak, kırık kalpler birbirine bağlanıyor. Güneş, Ay ve Mars buluştuğunda, yeni bir birleşim melodisi akmaya başlıyor! Şonan Denizi'nde yüzen küçük bir ada olan Enoshima'da, güzelliği ve huzuruyla ünlü "Özel Enoshima Akademisi" yer alır. Bu okul, ülkenin dört bir yanından yetenekli öğrencileri bir araya getirerek en son teknolojiyle donatılmış özel bir eğitim sunmaktadır. Akademideki özel güçlendirme sınıfı "Elements"'e seçilen Sakko, Rimiya ve Toshi, duygu gücüyle çalışan "Vector Machine" adlı savaş uçaklarını pilotluk yapmaları emredilir. Görevleri, gizemli istilacı silahlar olan **"Efsanevi Canavarlar"**a karşı savaşmaktır. Savaşın ortasında, Sakko'nun gizemli bir vizyon tarafından yönlendirilmesiyle haykırdığı bir söz her şeyi değiştirir: "Gezegensel Birleşim! Hadi, Aquarion!" Tekrarlanan reenkarne yaşamların sonunda, "Göksel Mekanik Kanat Aquarion" ortaya çıkıyor. Kendi kaderlerini omuzlayan gençler, Uzay Yumurta Topluluğu adlı gizemli bir organizasyonun ve yetişkinlerin planlarının ortasında, evrenin gerçeğiyle yüzleşmek zorunda kalıyor. Duyguların ilmek ilmek işlediği bu aşk destanı, evrenin hayatta kalma mücadelesini konu alıyor.