Lise öğrencisi Makoto Itou, Kotonoha Katsura'yı ilk kez birinci sınıfın ikinci döneminin başında fark eder. Hemen onun güzelliğinden büyülenir, ancak her gün aynı trene binmelerine rağmen utangaçlığı ona yaklaşmasına izin vermez. Bunun yerine, gizlice onun bir fotoğrafını çeker ve bunu cep telefonunun duvar kağıdı olarak ayarlar: Gizli tutulursa, güya aşkınızın farkına varmanıza yardımcı olacak bir çekicilik. Ancak sınıf arkadaşı Sekai Saionji resmi fark eder, ancak onu ispiyonlamak yerine Kotonoha'yı ayarlamasına yardım etmeyi teklif eder ve onunla sadece onun için arkadaş olacak kadar ileri gider. Böylece üçlü oldukça doğaçlama bir arkadaşlığa başlar. Okul Günleri, bu üç gencin liseli olmanın getirdiği mutluluk ve zorluklarla mücadele eden hayatlarını konu alıyor. Canlı, romantizm ve melankoliyle dolu bir hikayede, bu üç öğrencinin hikayesi, önemli sonuçtan sonra bile uzun süre hafızalarda kalacak.