İkinci Etki olarak bilinen dehşet verici olaydan on beş yıl sonra, dünya yeni bir tehditle karşı karşıyadır: Melekler adı verilen canavarca göksel varlıklar, Tokyo-3'ü birer birer istila eder. İnsanoğlu, en gelişmiş mühimmat ve askeri taktikleri kullanmalarına rağmen Meleklere karşı kendilerini savunamamaktadır. İnsanlığın kurtuluşu için tek umut, soğukkanlı Gendou Ikari'nin liderliğindeki gizemli bir organizasyon olan NERV'nin elindedir. NERV, Meleklerle savaşmak için son teknoloji ürünü gelişmiş silahlar ve Mutlak Terör Alanları olarak bilinen koruyucu bariyerlerle "Evangelions" adı verilen dev insansı robotları çalıştırıyor. Gendou'nun 14 yaşındaki oğlu Shinji Ikari, babası tarafından terk edildikten yıllar sonra Tokyo-3'e geri döner. Shinji, annesini kaybetmenin yol açtığı derinlere gömülmüş travmaya ve babasının neden olduğu duygusal ihmale karşı sürekli bir iç savaş yaşar. Kendini bir başkasına açmaktan korkan Shinji'nin hayatı, kendisine daha önce hiç yaşamadığı özgür ruhlu bir anne nezaketini gösteren yüksek rütbeli bir NERV memuru olan 29 yaşındaki Misato Katsuragi ile tanışmasıyla sonsuza kadar değişir. Yıkıcı bir Melek saldırısı, Shinji'yi harekete geçmeye zorlar ve Gendou, oğlunu Tokyo-3'e geri davet etmesinin gerçek nedenini açıklar: Shinji, biyometrik verileriyle senkronize olan yeni bir robot olan Evangelion Unit-01'i verimli bir şekilde kullanabilen tek çocuktur. Bir Evangelion'a pilotluk yapmanın getirdiği acımasız psikolojik travmaya rağmen Shinji, babasının karanlık entrikalarından habersiz Tokyo-3'ü melek tehdidine karşı savunur.