Madoka Kaname ve Sayaka Miki sıradan hayatları olan sıradan ortaokul kızlarıdır, ancak kedi benzeri büyülü bir tanıdık olan Kyuubey ve yeni transfer öğrenci Homura Akemi ile karşılaştıklarında her şey değişir. Kyuubey onlara bir teklifte bulunur: herhangi bir dileklerini yerine getirecektir ve karşılığında her biri sihirli bir kız olacak ve hayallerini gerçekleştirmek için yeterli gücü kazanacaklardır. Ancak kendisi de sihirli bir kız olan Homura Akemi, her şeyin göründüğü gibi olmadığını söyleyerek teklifi kabul etmemeleri için onları uyarır. Bir umut, umutsuzluk ve dostluk hikayesi olan Mahou Shoujo Madoka★Magica, büyülü bir kız olmanın zorluklarını ve bir hayali gerçekleştirmek için ödenmesi gereken bedeli ele alıyor.