Her şey Astronomi Kulübü üyelerinden birinin ölümüyle başladı. Bundan ötürü de, kulübün rivayeti olan hayalet canlandı. Huysuz insomni hastası Ganta Nakami, Astronomi Kulübü'nün terk edilmiş gözlemevinde orta derecede asi ama uyumlu Isaki Magari'ye rastlar. Magari sarsılarak uyanır ve olay yerinden kaçmaya çalışır, ancak kırık bir kapı bunu engelleyerek ikisini içeri girmeye zorlar. İkilinin beklenmedik bir şekilde oluşan dostluğu, gözlemevini etkileşim kurmaları için güvenli bir alan olarak kullanmalarına sebep olur. Kimi wa Houkago Insomnia, uykusuzluk çeken Nakami ve Magari'nin yıldızların aydınlattığı gözlemevinde uykusuzlukla ve bunun öğrenci hayatı üzerindeki kalıcı etkileriyle başa çıkmalarına yardımcı olurken geçirdikleri zamanı konu alır.