Kannagi: Beklenmedik Bir Tanrıça ve Sıradışı Günler Küçüklüğünde böcek avlarken bir tanrıça ile karşılaşan Jin Mikuriya, bu olaydan ilham alarak yeni sanat eseri olan Ağaç Ruhu adlı heykeli yapar. Heykelini okula götürmenin yollarını düşünen Jin, gününü kendi sanat eserini hayranlıkla izleyerek geçireceğini düşünür. Ancak beklenmedik bir şey olur—heykel aniden toprağı emmeye başlar ve bir patlamayla sevimli bir kıza dönüşür! Bu gizemli kız, kendisini dünyanın koruyucusu olarak tanıtan Nagi’dir. Nagi, Jin’den dünyayı saran "kirlilikleri" temizlemesi için yardım ister. Ne var ki, Nagi’nin kutsal ağacı kesildiği için güçleri tükenmiştir ve saf kötülüğü yok etmek için yalnızca sihirli bir asa kullanabilmektedir. Böylece Jin ve Nagi’nin kaderleri iç içe geçer. Günlük yaşamları, mizah, doğaüstü olaylar ve eğlenceli kaos dolu bir maceraya dönüşürken, ikili birbirlerini daha yakından tanımaya başlar. Kannagi: Komedi, fantastik unsurlar ve günlük hayatın eğlenceli kaosu bir arada!