"Kaijuu" adı verilen grotesk, Godzilla benzeri canavarlar uzun yıllardır Japonya'da ortaya çıkmaktadır. Bu canavarlarla mücadele etmek için Savunma Birliği olarak bilinen seçkin bir askeri birlik, sivilleri korumak için her gün hayatlarını riske atıyor. Bir yaratık öldürüldüğünde, Profesyonel Kaijuu Temizleyici Şirketi'ne bağlı olarak çalışan "süpürücüler" yaratığın kalıntılarından kurtulmakla görevlendirilir. 32 yaşında bir adam olan Kafka Hibino, süpürgeci olarak yaptığı işten memnun değildir. Genç yaşından beri Savunma Birlikleri'ne katılmayı ve hayatını kazanmak için kaijuları öldürmeyi arzulamaktadır. Ancak birkaç başarısız denemeden sonra hayallerinden vazgeçmiş ve iyi bir maaş çeki sağlayan sıradanlığa boyun eğmiştir. Bununla birlikte, Leno Ichikawa adında 18 yaşındaki hırslı bir acemi temizlik ekibine katıldığında, Kafka'ya orduya katılma arzusu bir kez daha hatırlatılır. Talihsiz olaylar zinciri ve genç temizlik görevlisiyle girdiği bir etkileşimin ardından Kafka, ağzından zorla girerek onu insansı bir canavara dönüştüren parazit türü bir kaijuu ile karşılaşır. Yeni bulduğu güçlerle Kafka, hayatının hayalini son bir kez denemeyi hedefler.