Babel'in Vahiylerini alanlar, birçok savaş ve zorluğu aşmak zorundadır. Özel partnerlerinin elini tutarak, "Hand Shaker"lar, zamanın var olmadığı alternatif bir boyut olan Ziggurat alemine taşınırlar. Her bir Hand Shaker çifti, Tanrı ile görüşme ve ondan bir dilek hakkı kazanma hakkı için savaşmak zorundadır. Tazuna Takatsuki, tamir işlerinde yetenekli bir lise öğrencisi, bu Hand Shaker'lardan biridir. Yakındaki bir üniversiteden Profesör Makihara'dan tamir isteği aldığında, Tazuna, ona ölen kız kardeşi Musubu'yu hatırlatan yataklı bir kız olan Koyori Akutagawa'ya rastlar. Kız kardeşinin ölmeden önceki elini asla bırakmama arzusunu hatırlayan Tazuna, Koyori'nin elini tutar ve Hand Shaker olarak gücünü uyandırır. Ancak, Koyori'nin hayatı Hand Shaker olma statüsüne bağlıdır, yani Tazuna onun elini bıraktığında Koyori ölecektir. Onu kurtarmak için tek umutları Tanrı ile görüşmek olan bu ikili, benzersiz güçlerini birleştirmenin bir yolunu bulmalı, rakip Hand Shaker'ları aşmalı ve dileklerini gerçekleştirmelidir. Bu zorlu yolculukta, Tazuna ve Koyori'nin birbirlerine güvenmeleri ve birlikte çalışmaları gerekecek. Her mücadelede, zayıf noktalarını güçlendirecek ve birlikte daha da güçlü hale gelecekler. Tanrı'nın huzuruna çıkmak için verdikleri mücadelede, hem kendilerini hem de ilişkilerini keşfedecekler.