Iori Kitahara, üniversitedeki birinci yılı için sahil kasabası Izu'ya taşınır ve amcasının tüplü dalış mağazası Grand Blue'nun üst katında ikamet eder. Iori'nin ideal bir üniversite deneyimi yaşama konusunda büyük umutları ve hayalleri vardır, ancak mağazaya girdiğinde burayı sık sık ziyaret eden Dalış Kulübü'nün kaygısız üyelerinin alkollü aktivitelerine kapılır. Üst sınıftan Shinji Tokita ve Ryuujirou Kotobuki'nin ikna ettiği Iori, isteksizce onların tuhaf partisine katılır. Daha sonra kuzeni Chisa Kotegawa içeri girer ve onu iş başında yakalar ve Iori'nin tamamen küçümsenmesine neden olur. Kenji Inoue ve Kimitake Yoshioka'nın popüler komedi mangasından uyarlanan Grand Blue, bir yandan tüplü dalış yapmayı öğrenirken bir yandan da ideal üniversite hayalini gerçekleştirmeye çalışan Iori'nin eksantrik yeni arkadaşlarıyla yaşadığı talihsizlikleri konu alıyor.