Gakusen Toshi Asterisk 2. Sezon, Genestella öğrencileri Ayato Amagiri ve Julis-Alexia von Riessfeld'in hikayesini sürdürüyor. İki kardeş, Irene ve Priscilla Urzaiz ile zorlu bir mücadeleden sonra Phoenix Festa'nın bir sonraki aşamasına geçmişlerdir. Julis ve Ayato'nun en iyi çabalarına rağmen, Ayato'nun güçlerinin mühürlenmiş olması artık bir sır değildir. Şimdi büyük bir dezavantajda olan ikili, Phoenix Festa'yı kazanma umudu taşıyorsa bir plan yapmak zorundadır. Tek kesin olan şey: karşılarına çıkan sorunların, bundan sonra daha da aşılamaz hale geleceğidir.