Lucy, kısa bir çift boynuzla ve görünmez telekinetik ellerle doğmuş, "Diclonius" olarak anılan özel bir insan türüdür ve bu da onu hükümetin insanlık dışı bilimsel deneylerinin kurbanı haline getirir. Ancak koşullar ona kaçma fırsatı sunduğunda, hapsetme ve işkence nedeniyle yozlaşan Lucy, onu kaçıranlardan kaçarken bir kan seline neden olur. Kaçışı sırasında, onu bölünmüş bir kişiliğe bırakan sakatlayıcı bir kafa travması geçirir: sınırlı konuşma kapasitesine sahip, zararsız bir çocuğun zihniyetine sahip biri. Bu istikrarsızlık durumunda, iki üniversite öğrencisi Kouta ve kuzeni Yuka ile karşılaşır ve onun ölümcül eğilimlerinden habersiz, yaralı bir kaçağı farkında olmadan bakımlarına alırlar. Kısa süre sonra kendilerini hükümet gizliliği ve komplonun karanlık dünyasına sürüklenmiş bulurken, bu iyilik onların hayatlarını değiştirecektir.