Şehirdeki akademiler kendi bölgelerine ayrılmıştır ve çoğunlukla bağımsız kabul edilirler. Genel Öğrenci Konseyi, akademileri bir bütün olarak yönetmek için yönetim kurulu olarak hareket etmektedir. Ancak, Genel Öğrenci Konseyi başkanının gizemli bir şekilde ortadan kaybolmasından bu yana grubun yönetme kabiliyeti durma noktasına gelmiştir. Başkanın liderliğinin yokluğunda Kivotos genelinde sayısız sorun su yüzüne çıkmaya başlamıştır. Genel Öğrenci Konseyi, felaketi önlemek için Schale olarak da bilinen Federal Soruşturma Kulübü'nden yardım talep eder. Aslında Schale şehrin en yeni kulübüdür ve başkanın ortadan kaybolmasından önce onaylanan son kulüptür. Schale, görevini yerine getirmek için Kivotos çevresindeki olayları çözmelerine yardımcı olabilecek bir Sensei'nin rehberliğine güvenmektedir. (Öğrencilerin kişisel silah ve akıllı telefon taşımaları zorunludur! Akademi Şehri'nin sunduğu askeri aksiyon, aşk ve dostluğun tadına varın!)