Elli yıl önce, "Huge" olarak bilinen gizemli yaratıklar aniden dünyanın dört bir yanında ortaya çıkarak insanlığı varoluşsal bir tehdit ile karşı karşıya bıraktı. Bu tehdide karşı savunma olarak, "Lilies" adı verilen genç kız askerler, vücutlarındaki "Magie" enerjisini kullanarak "Counter Huge ARMS" veya "CHARMS" olarak bilinen silahları kullanmaktadır. İki yıl önce Huge saldırısından kaçarken bir Lily tarafından kurtarılan Riri Hitotsuyanagi, bir Lily olma sözü verir. Bu hayalini gerçekleştirmek için, Lilies'lerin eğitim gördüğü prestijli Yurigaoka Akademisi'ne kaydolur. Orada, kendisini kurtaran Lily’nin, sınıf arkadaşı Yuyu Shirai olduğunu keşfeder. Ancak, neşeli olduğunu düşündüğü bu kişi, oldukça soğuk ve yalnız savaşmayı tercih eden bir karakter çıkar. Buna rağmen, Riri, Yuyu ile iyi geçinmek ve ona ulaşmak için elinden geleni yapmaya kararlıdır. Yuyu ve diğer Lilies’lerin yanında, Riri’nin bir Lily olma yolculuğu yeni başlıyor!