Barsburg İmparatorluğu'nun Askeri Akademisi, imparatorluğa zafer getirecek seçkinleri eğitmesiyle tanınır. Akademinin öğrencileri "Zaiphon" adlı bir yeteneği savaşmak için özgürce kullanır, kullanılabilen Zaiphon türleri ise askerin doğasına bağlıdır. Akademi öğrencisi Teito Klein, üretilen en umut verici askerlerden biridir. Geçmişine dair hiçbir anısı olmayan bir slave (Almancada köle anlamına gelir) olduğu için herkes tarafından alay konusu olmasına rağmen, Mikage adında bir öğrenci arkadaşıyla arkadaş olur. Teito, final sınavına hazırlanırken geçmişiyle ilgili karanlık bir sırrı ortaya çıkarır. Babasını öldüren üst düzey bir yetkili olan Ayanami'ye suikast girişimi başarısızlıkla sonuçlanınca Teito cezayı beklemek üzere kilit altına alınır. Yalnızca Teito için en iyisini isteyen Mikage, onun kaçmasına yardım eder. Teito, piskoposlar tarafından kabul edildiği 7. Bölge Kilisesi'ne gider. Teito burada Ayanami'nin ve Ordunun elinden kurtulmaya çalışır, böylece anılarını yeniden keşfedebilir ve neden dünyanın kaderini değiştirebilecek kişi olduğunu öğrenebilir.